De dertiende eeuw markeerde het begin van een lang tijdperk waarin de Baltische volkeren onder vreemde heerschappij leefden. De aanzet kwam van de Lijflandse Orde, een militaire ridderorde die in opdracht van de paus de heidense volkeren aan de Baltische kust moest bekeren. Met zwaard en fort drong de orde door langs de Daugava en de kust van het huidige Estland. In 1201 stichtten de kruisvaarders Riga, dat uitgroeide tot het bestuurlijk centrum van de regio. In 1219 vielen de Denen in op het noorden van het huidige Estland en stichtten zij Tallinn — de naam betekent letterlijk “Deense vesting”.
De Duits-Baltische elite
De Lijflandse Orde legde de basis voor een sociale structuur die eeuwen zou standhouden: een Duits-sprekende adel en geestelijkheid als bovenlaag, met de Letse en Estse boerenbevolking als lijfeigenen. Die verhouding veranderde nauwelijks toen de orden verbrokkelden en de regio in de zestiende eeuw in andere handen overging. De Duits-Baltische adel, de *Baltendeutschen*, bleef de grondbezittende klasse, ongeacht wie er politiek aan de macht was.
Litouwen ontsnapte grotendeels aan dit patroon. Het Groothertogdom Litouwen fuseerde in 1386 met Polen via een dynastiek huwelijk, wat uitmondde in de Pools-Litouwse Unie. Deze unie domineerde Oost-Europa tot in de achttiende eeuw en bood Litouwen een eigen politieke identiteit, al verschoof de culturele invloed in de loop der eeuwen steeds meer richting Polen. De Poolse taal drong door in de Litouwse adel; de Litouwse boerentaal bleef echter leven in de dorpen.
Zweedse en Russische heerschappij
In de zeventiende eeuw viel Estland en het noorden van Letland toe aan Zweden. De Zweedse periode wordt in Estland soms nostalgisch herinnerd als een tijd van relatief goed bestuur: er werden scholen opgericht en het leibeigenschap werd tijdelijk verlicht. In 1710, na de Grote Noordse Oorlog, nam Rusland het gebied over van Zweden. De tsaren lieten de Duits-Baltische adel grotendeels met rust in ruil voor loyaliteit; de sociale structuur veranderde opnieuw nauwelijks.
Letland en Litouwen werden aan het einde van de achttiende eeuw volledig ingelijfd bij het Russische Rijk, als gevolg van de drie Poolse delingen tussen 1772 en 1795. Daarmee eindigde de Pools-Litouwse Unie. Litouwen verloor zijn staatkundige zelfstandigheid voor de eerste keer in zijn geschiedenis.
Nationale ontwaking
De negentiende eeuw bracht een culturele heropleving. In alle drie de landen verzamelden folkloristen de oude liederen en sagen die de volkstaal hadden bewaard. In Estland verscheen het nationale epos *Kalevipoeg*, samengesteld uit volksoverlevering. In Letland werden de *dainas* — de traditionele volksliedjes — systematisch opgetekend. In Litouwen produceerde de Litouwse pers, verboden door het tsarenbestuur en gedrukt over de grens in Pruissen, een stroom van lectuur in de moedertaal. Litvak-drukkers smokkelden die boeken het land in over de zogenaamde *Boekendragers*-routes.
Die culturele stroming legde de basis voor de nationale bewegingen die aan het begin van de twintigste eeuw uitliepen op onafhankelijkheid.
In de pastorietuin in Varniai, in het westen van Litouwen, staat een gedenkteken voor Motiejus Valančius, de bisschop die in de negentiende eeuw Litouwse boeken de grens over smokkelde. Hij wordt er herdacht als verzetsman, niet als geestelijke.