In minder dan drie eeuwen wisselde Taiwan vier keer van bestuurder: de VOC, de Zheng-dynastie, de Qing-keizerrijk en het Japanse Keizerrijk. Elke overgang liet structurele sporen na in de bevolkingsamenstelling, de infrastructuur en het grondbezit.
De VOC (1624–1662)
De Vereenigde Oost-Indische Compagnie vestigde in 1624 een handelspost op het eiland Tayouan voor de kust van het huidige Tainan, en bouwde er Fort Zeelandia. Taiwan was voor de VOC geen eindbestemming maar een doorvoerhaven: het eiland lag gunstig voor de handel tussen Japan, China en Batavia. De Compagnie legde suikerrietplantages aan en bracht Chinese arbeiders over om die te bewerken. De inheemse bevolking in de regio werd deels ingezet als tussenpersonen in de hertenjacht, die pels voor de Japanse markt opleverde.
De Spanje had ondertussen in 1626 een post gevestigd in het noorden van Taiwan, bij het huidige Keelung. De VOC verdreef de Spanjaarden in 1642 en controleerde tijdelijk het hele eiland, maar de greep op de bergvolken bleef beperkt.
Koxinga en de Zheng-dynastie (1662–1683)
In 1662 verdreef Zheng Chenggong, beter bekend als Koxinga, de VOC uit Taiwan. Koxinga was de zoon van een Chinese piraat en koopman en een Japanse moeder, en had gevochten voor de Ming-dynastie tegen de oprukkende Qing. Toen het vasteland verloren was, trok hij met zijn vloot naar Taiwan als laatste bolwerk. Fort Zeelandia viel na een negen maanden durend beleg.
Koxinga stierf kort na de verovering, maar zijn nakomelingen bestuurden het eiland nog twintig jaar. Ze breidden de Chinese landbouwkolonisatie uit en vestigden een bestuur dat meer op het Chinese model was gebaseerd dan het VOC-systeem. In 1683 versloeg de Qing-vloot de Zheng-marine en nam Taiwan in.
Qing-bestuur (1683–1895)
De Qing-keizer beschouwde Taiwan aanvankelijk als een lastige periferie. Een invloedrijke ambtenaar adviseerde het eiland op te geven; de keizer koos er uiteindelijk voor het te houden als provincie. De westelijke vlakte werd gekoloniseerd door Chinese boeren, voornamelijk uit Fujian en Guangdong. De Qing trok een grensstreep tussen de kustgebieden en de bergen, maar die werd decennialang genegeerd door kolonisten. Conflicten met inheemse volken, en ook tussen Hoklo- en Hakka-groepen onderling, waren frequent.
Pas in 1885 verhief de Qing Taiwan tot volwaardige provincie, na groeiende druk van buitenlandse mogendheden. Tien jaar later, na de verloren Eerste Chinees-Japanse Oorlog, werd het eiland bij het Verdrag van Shimonoseki in 1895 aan Japan overgedragen.
Japans bestuur (1895–1945)
Japan bestuurde Taiwan vijftig jaar als kolonie. De eerste jaren werden gekenmerkt door gewelddadig verzet en harde repressie. Daarna volgde een langere periode van modernisering die Japan als model voor andere kolonies beschouwde. Er werden spoorlijnen, waterleidingen en scholen aangelegd. Suiker en rijst werden de exportproducten die via Japanse bedrijven werden gecontroleerd. Taiwanese arbeiders werkten de grond, Japanse ondernemers hadden het kapitaal.
Japans werd de bestuurstaal en de onderwijstaal. Kinderen die in de koloniale periode opgroeiden, spraken Japans als eerste taal in de openbare sfeer. Die generatie had een gemengde verhouding tot de koloniale erfenis: de infrastructuur en het onderwijs werden positief gewaardeerd, de politieke onderdrukking en de latere mobilisering voor de Tweede Wereldoorlog niet. Tienduizenden Taiwanese mannen vochten als soldaten in het Japanse leger.
De Japanse architect die in 1919 het Presidentieel Paleis in Taipei ontwierp, bouwde het met de voorgevel gericht op het noorden, zodat bezoekende keizertelegrammen altijd in de richting van Tokyo werden ontvangen. Die geopolitiek van de bouwrichting is nu grotendeels vergeten.